ОСНОВНЫЕ АСПЕКТЫ КОНСТРУИРОВАНИЯ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ФОМОЗА ЛЕСНЫХ ДРЕВЕСНЫХ ВИДОВ МЕТОДОМ ВИДОСПЕЦИФИЧЕСКОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ / HIGHLIGHTS OF PRIMER DESIGN FOR DIAGNOSIS OF PHOMA BLIGHT OF FOREST TREE SPECIES USING SPECIES-SPECIFIC PCR METHOD
Научная публикация
ОСНОВНЫЕ АСПЕКТЫ КОНСТРУИРОВАНИЯ ПРАЙМЕРОВ   ДЛЯ ДИАГНОСТИКИ ФОМОЗА ЛЕСНЫХ ДРЕВЕСНЫХ ВИДОВ   МЕТОДОМ ВИДОСПЕЦИФИЧЕСКОЙ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ /   HIGHLIGHTS OF PRIMER DESIGN FOR DIAGNOSIS   OF PHOMA BLIGHT OF FOREST TREE SPECIES   USING SPECIES-SPECIFIC PCR METHOD
Автор(ы): С. В. Пантелеев, О. Ю. Баранов / S. V. Panteleev, O. Yu. Baranov
УДК: УДК 632.4:630*165.3
Год издания: 2015
Дата загрузки: 14.01.2016
Загрузил(а): Цылина И. А.

Описание:
В статье рассмотрены основные аспекты разработки ПЦР тест-системы для диагностики
фомоза лесных древесных видов и видоспецифической идентификации возбудителей инфекции.
На основании использования методов секвенирования нового поколения на базе Ion PGM
Torrent проведено определение нуклеотидной последовательности генома одного из домини-
рующих патогенов в лесных питомниках Беларуси – возбудителя фомоза сеянцев хвойных по-
род Phoma sp.1 (размер генома ≈ 40 млн. пар нуклеотидов). По результатам секвенирования ан-
нотирована последовательность рибосомальной ДНК Phoma sp.1 – 7540 пар оснований. Данный
регион был выбран в качестве генетического маркера при разработке ПЦР тест-системы для ди-
агностики фомоза лесных древесных растений, так как характеризуется видоспецифичностью и
консерватизмом внутри вида. С использованием специального программного обеспечения
Primer3web version 4.0.0 и Primer Blast проведена оптимизация термодинамических параметров
видоспецифической полимеразной цепной реакции (SS-PCR) и сконструированы праймеры для
идентификации возбудителей фомоза (50 пар). Функциональность праймеров проверена в базе
данных международного генного банка GenBank Национального центра биотехнологической
информации (США) c использованием программ nucleotide Blast и Primer Blast. Установлено,
что разработанный набор характеризуется различной степенью специфичности к фомоподобным
грибам: от отдельных видов до рода. Размер амплифицируемых продуктов (70–190 п.н.) опти-
мально подходит для проведения количественной оценки возбудителей фомоза в клетках расте-
ний с использованием метода ПЦР в реальном времени (Real-Time PCR).

The article describes the main aspects of the development of a PCR test systems for the diagnosis
of Phoma Blight of forest tree species and species-specific identification of the causative agents. Using
next-generation sequencing methods based on Ion PGM Torrent conducted determination of the
nucleotide sequence of the genome of one of the dominant pathogens in forest nurseries of Belarus –
Phoma sp.1, causative agent of Phoma blight of coniferous seedlings (genome size ≈ 40 million base
pairs). According to the results of full genome sequencing annotated sequence of ribosomal DNA of
Phoma sp.1 – 7540 base pairs. This region was chosen as a genetic marker in the development of a
PCR test system for the diagnosis of Phoma blight of forest tree species, because it is characterized by
species-specific and conservatism within the species. Using special software Primer3web version 4.0.0
and Primer Blast optimized thermodynamic parameters of species-specific polymerase chain reaction
(SS-PCR) and primers designed to identify the causative agents of Phoma blight (50 pairs). The
functionality of the primers tested in a database of GenBank of National Center for biotechnological
information (US) using programs nucleotide Blast and Primer Blast. It was found that the developed set
is characterized by varying degrees of specificity of phoma-like fungi from individual species to genus.
The size of the amplified product (70–190 bp) optimally suited for quantifying causative agents of
Phoma blight in plant cells using the method of real-time PCR.

Использование электронных материалов, размещенных на данном сайте, осуществляется на договорной основе. Разрешается использовать ресурсы в единичном экземпляре и исключительно в личных целях.



ДНКПЦРпраймерыфомоз